Laut Satzung vom 13.10.2011 besteht die Stiftung aus den Organen des Stiftungsvorstandes und dem Stiftungsrat, als kontrollierendes Organ. Der Stiftungsvorstand besteht aus zwei hauptamtlichen Vorständen - dem Vorsitzenden und dem stellvertretenden Vorsitzenden - die vom Stiftungsrat gewählt werden. Die Aufgaben des Stiftungsvorstandes bestehen darin, die laufenden Geschäfte der Stiftung im Rahmen des Haushaltsplans zu führen. Der Stiftungsrat trifft die grundsätzlichen Entscheidungen und überwacht die Aufgaben des Vorstandes. Als kirchliche Stiftung des bürgerlichen Rechts unterliegt die Einrichtung St. Elisabeth der Rechtsaufsicht des erzbischöflichen Ordinariats in Freiburg.

Der Stiftungsvorstand

Vorsitzender: Herr Axel Beiter 
Stellv. Vorsitzender: Herr Wolfgang Koch

Der Stiftungsrat

Vorsitzender: Herr Konrad Wiget
Stellv. Vorsitzender: Herr Dekan Michael Knaus

Herr Jürgen Staib
Herr Dr. Bernd Stekeler
Herr Michael Widmann

Beratendes Mitglied:
Herr Klaus Conzelmann (Finanzausschuss)